国家耐盐粳稻育种创新基地于2016年5月经农业部批复建设，依托依托单位山东省水稻研究所。基地建设提高我国耐盐粳稻品种的研发效率，服务国家的战略需求，进行滨海耐盐粳稻种质资源评鉴、新品种研发、种植试验、配套栽培技术研究与推广，成为国家级耐盐水稻育种前沿技术阵地。基地分为“实验室—育种基地—试验场”三部分。其中分子育种实验基地位于山东省济南市历城区桑园路2号，占地14.5亩；新品种选育基地位于济宁市任城区南阳湖农场，占地264亩；新品种耐盐碱试验场位于东营市垦利县垦利镇东兴村，占地12亩。新增植物生长室42平方米，新建盐池208立方米，配置仪器设备61台（套）。